「選びなさい氷室ユイ――」

逢魔が時ともいう、昼と夜の端境である宵闇の迫る夕暮れ。
氷室ユイは、帰り道に通り過ぎようとした公園で、古風なセーラー服をまとう黒髪の少女が死神の如き大鎌を振るい、中年男の首を切り落とすのを目撃。交番へ駆け込むユイだったが、現場からは死体を含む一切の痕跡が消え失せていた。

言い知れぬ不安を抱えながら迎えた翌日。
黒髪の少女は謎めいた転校生・祠堂セリナとしてユイの前に姿を現す。

そして前日の事件と同じその現場で。
ユイは、欲望のままに自分を犯そうとした同級生男子の首が、再びセリナの大鎌で切り落とされる光景を目の当たりにした。
恐怖におびえて仮病を使い、通学も拒絶し自宅に閉じこもったユイに、セリナは強引な二者択一を突き付ける。

「ここで口封じで殺されるか、それとも魔法少女に変身して妖魔と戦うかを！」

人間に寄生して種子をばらまき、増殖していく恐るべき存在――妖魔。
魔法少女ミラクルユイットに変身する力を授けられたユイの、みだらで残酷な戦いの日々はこうして始まった。